权威文献直指新冠病毒的朔源和进化
如今新冠病毒的源头问题已经成了一个和政治无法区分的难题。好在世界各地的不少科学家依然在孜孜以求地探索着事实和真相。今天，生物学的权威科学期刊《美国科学院院报》刊登了一篇来自英国剑桥大学的的短文，对这个问题做出了迄今为止最为明确的回答。但是，原文的重点是，通过推导病毒的进化过程来更好地指导隔离和防疫的战略。所以他们没有白字黑字地道出病毒发源的结论，经过我的解读，总结如下：
所有证据指向新冠病毒发源于武汉；
尚无证据支持所谓的“美国起源说”。
我们在以前的文章曾对分子进化树做过科普，不懂的读者请复习。下面的图是我对论文原图的标注和解释。在这个图中，每个圆圈代表一种病毒基因序列的变化，圆圈的大小，和携带这种基因型的病人样本的数量成正比。根据基因构树的原理，作者把截至到3月初的160份来自世界各地的病毒样本分成三个大族：A，B和C。在这三个主族形成之前，来自蝙蝠的冠状病毒经过一系列的突变（粗红色箭头），于2019年底进入人类，获得人传人的能力，在武汉的首批新冠病人样本内检出（细红箭头所指）。
然后，这首轮爆发的毒株，继续在武汉突变，就形成了A族类的祖宗。1月21号，一位35岁的中国男人从武汉飞回西雅图，就携带着这样一枚A族类基因型，他成为美国本土的第一个确诊病例，正所谓当武汉遇到西雅图。一个半月之后，在西雅图附近社区的一位确诊病例，虽然和这个武汉人没有交集，居然和他带有一模一样的突变，于是也被归类在这个A族类内。这个现象，被西雅图一位叫Trevor Bedford的病毒学家发现，由此断定新冠病毒已在当地西雅图社区悄悄传播了了6个星期了，潜在的感染者可能已经数千，而在那个时候，高高在上的美国疾控中心，还在做“新冠对美国威胁不大”的梦。
可贵的是，西雅图学者的忠告被当地的官员及时听取，他们早于美国任何一个地方加大了测试的力度，对病患的追踪，以及抗疫物资的筹备。时至今日，作为美国第一个疫情爆发的地区，华盛顿州每日新增病例少于100，形势显然已经得到有效控制，和处于水深火热的纽约新泽西相比，形成了鲜明对照。
让我们再回到病毒的传播上，除了在武汉当地继续扩增并传至美国之外，A族类的毒株传播比较广泛，分布到了广东，东亚和澳大利亚。不过A族系却并非肆虐中国乃至东亚的主要株系。
那么是哪一个呢？是A家族继续突变，形成的B家族毒株。有意思的是，这个B家族的原始基因型，基本在东亚国家转悠而没有进入欧美。这是由于美国和欧洲相继对中国停航造成了隔绝效应吗？值得研究。凡是进入西方国家的B家族成员，基本上都含有除了原始B突变以外的附加突变。
然后，B家族的继续变化，形成了C家族，这个族系在在全部中国样本中都缺失，却是入侵欧洲的主力部队，同时在港台和南韩也有发现。
这篇文章的局限性在于，由于作者的投稿时间较早（三月初），病毒样本还比较有限，其时美国的爆发尚未形成，难以对美国毒株的朔源进化做深入探讨。
不过，这个缺憾已经得到了弥补。美国的学者几天前对美东的病毒样本进行了分子树分析，结论是肆虐美东部特别是大纽约地区的毒株主要来自欧洲，而且已经是从一月开始就已经在社区中悄悄流行，很有可能比西雅图确诊的那位武汉人还要早。考虑到特朗普总统在3月11号才姗姗来迟地断航欧洲，而且做壮士断臂的悲壮姿态，我们只有呵呵两声，这早晚三秋了。
最后值得一提的是，这篇《美国科学院院报》的文章，基因朔源构树的方法依据的是一个经典原则，叫“最大简约法”，既在对现存数据有同等解释能力的情况下，简单直接了当的模型和进化树更可能为真。所以，试图东拉西扯把一潭水搅浑的脑洞大开式阴谋论者，应该从中学到点什么了。
参考资料：
Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes. Peter Forster, Lucy Forster, Colin Renfrew, and Michael Forster
https://www.pnas.org/content/pnas/early/2020/04/07/2004999117.full.pdf
Most New York Coronavirus Cases Came From Europe, Genomes Show
https://www.nytimes.com/2020/04/08/science/new-york-coronavirus-cases-europe-genomes.html